Linguamatics und ChemAxon geben Projekt zur Verbesserung von Text-Mining in der Chemie bekannt
(14.12.2011, Pharma-Zeitung.de) CAMBRIDGE, England, und BUDAPEST, Ungarn, und BOSTON, USA - Copyright by Business Wire - Linguamatics
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Linguamatics und ChemAxon freuen sich, ihre Zusammenarbeit im Rahmen eines neuen, wegweisenden Projekts zu verkünden, das durch das EUREKA-Förderprogramm Eurostars finanziert wird. Das Projektkürzel lautet „ChiKEL“, was so viel bedeutet wie Chemically Informed Knowledge Extraction from Literature (Extraktion von chemischem Fachwissens aus Texten). ChiKEL wird das erste interaktive, für den Chemiebereich entwickelte Text-Mining-System sein, das fortschrittliche chemische Suche und die Extraktion von Beziehungen zwischen Strukturen und anderen biologischen oder chemischen Einheiten integriert. Durch die Kombination von chemischer Suche und Text-Mining sind Benutzer in der Lage, chemische Struktur- und biologische Suchen durchzuführen, um strukturierte Informationen zur weiteren Analyse aus Patenten, wissenschaftlichen Artikeln und internen Dokumenten zu extrahieren.
Durch diesen vollständig automatisierten Ansatz können chemische Strukturen in Dokumenten gefunden werden, bei denen eine Auszeichnung per Hand nicht oder nur für einige Strukturen vorgenommen wurde oder unwirtschaftlich ist, z. B. bei den internen Berichten eines Unternehmens. Wichtig ist, dass dieser neue Ansatz stark skalierbar ist und mit seiner Hilfe chemische Strukturen an bestimmten Punkten innerhalb eines Dokuments auffindbar sind. Das bedeutet, es können Fragen gestellt werden wie „welche Chemikalien werden als Hemmer eines bestimmten Zielmoleküls erwähnt“ oder „welche Rolle spielt die Chemikalie in diesem Dokument“".
Die vorhandene Integration zwischen den Softwareprodukten von Linguamatics und ChemAxon ermöglicht die Substruktur- und Ähnlichkeitssuche für bekannte Verbindungen. So können Texte u. a. auf Eigenschaften von Substanzen durchsucht werden, die eine bestimmte Substruktur aufweisen, wie z. B. die Zielmoleküle, die von einer Reihe von Verbindungen gehemmt werden.
Das ChiKEL-Projekt stellt eine Erweiterung der bestehenden Integration dar, um die Erkennung neuartiger chemischer Substanzen zu ermöglichen, auf die auf vielfältige Weise Bezug genommen wird, darunter mittels IUPAC-Namen und Bildern. Zusätzlich zur Substruktur- oder Ähnlichkeitssuche basierend auf einer gegebenen, von einem Benutzer gezeichneten Struktur verbessert ChiKEL zudem die Präsentation der Suchergebnisse, sodass Anwender die chemischen Strukturen anzeigen und Cluster von Strukturen durchsuchen können, die in den Dokumenten gefunden wurden.
Wichtige Ziele von ChiKEL sind 1) die Entwicklung von Goldstandards für die Evaluierung, 2) die Integration der Umwandlung von Namen in Strukturen für die Suche nach neuartigen Chemikalien, 3) die Darstellung von Strukturen in Suchergebnissen und 4) die Erforschung der Umwandlung von Bildern in Strukturen.
Zu den Anwendungsgebieten zählen die wissenschaftliche Forschung, geistiges Eigentum und kommerzielle Informationen. Spezialbereiche sind Arzneimittelentdeckung, -lizenzierung, -neuausrichtung, -sicherheit und -überwachung. Zu den Zielgruppen gehören Pharma- und Biotechnologieunternehmen und angrenzende Märkte wie Lebensmittel, Agrochemikalien und Gesundheitswesen.
Unternehmen, die Interesse daran haben, Betatester der ChiKEL-Software zu werden, sollten sich unter chikel@linguamatics.com mit Linguamatics in Verbindung setzen.
Über Linguamatics
Linguamatics ist der weltweit führende Anbieter im Bereich der Implementierung innovativer, auf der Verarbeitung natürlicher Sprache beruhender Text-Mining-Technologie für komplexe, hochwertige Problemlösungen. Der Ansatz von Linguamatics ermöglicht es Unternehmen, maximalen Nutzen aus ihren Informationsressourcen zu ziehen, Bedeutungsstrukturen aus riesigen Mengen von Dokumenten zu erschließen und aussagekräftige Ergebnisse zu präsentieren, um die Unterscheidungsfindung zu unterstützen. Die agile, skalierbare I2E-Softwareplattform von Linguamatics wird von neun der zehn weltweit führenden Pharmaunternehmen und von zahlreichen anderen renommierten kommerziellen, akademischen und Regierungsorganisationen eingesetzt. Dieser beeindruckende Kundenstamm vertraut auf die Fähigkeit der Technologie von Linguamatics, bahnbrechende Fakten aus großen Mengen unstrukturierter Textdaten zu extrahieren, die umfangreiche, jedoch häufig schwer zugängliche geschäftskritische Informationen beinhalten. Das Unternehmen, das sich seit seiner Gründung im Jahr 2001 selbst finanziert und Gewinne erwirtschaftet, wächst um durchschnittlich ca. 50 % pro Jahr und in der Regel werden jährlich über 95 % der Softwarelizenzen erneuert. Drei der vier Unternehmensgründer sind noch im Managementteam vertreten.
Linguamatics arbeitet mit kommerziellen, akademischen und Regierungsorganisationen zusammen, um auf die Bedürfnisse von Kunden zugeschnittene Lösungen bereitzustellen und zukunftsweisende Funktionen zu entwickeln. Zu den derzeitigen Partnern zählen Oracle, Accelrys und ChemAxon. Das Unternehmen hat zudem Forschungsgelder von der Europäischen Union und eine Reihe von Auszeichnungen erhalten. Linguamatics ist weltweit tätig und unterhält Niederlassungen in Cambridge in Großbritannien und in Boston im US-Bundesstaat Massachusetts. Weitere Informationen erhalten Sie unter www.linguamatics.com.
Über ChemAxon
ChemAxon ist ein führender Anbieter von Plattformen für die Softwareentwicklung im Bereich Chemieinformatik und von Desktop-Anwendungen für die Biotechnologie-, Pharma- und Agrochemiebranche. Zu den Kernkompetenzen von ChemAxon zählen die Darstellung, Suche und Verwaltung von Strukturen; die Vorhersage von Eigenschaften; die virtuelle Synthese; Screening und Arzneimitteldesign. Das Unternehmen konzentriert sich auf die aktive Interaktion mit Benutzern und Software-Portabilität, um leistungsfähige, kostengünstige plattformübergreifende Lösungen und Programmierschnittstellen für den Einsatz in der modernen Chemieinformatik und der chemischen Kommunikation zu schaffen. Das in Privatbesitz befindliche Unternehmen hat seinen europäischem Hauptsitz in Budapest und unterhält Vertriebs- und Supportniederlassungen in Europa, Japan und Nordamerika.
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