biomodal liefert das 6-Basen-Genom mit einer leistungsstarken neuen Multiomics-Lösung: duet evoC

(05.02.2024, Pharma-Zeitung.de) CAMBRIDGE, England - Copyright by Business Wire - biomodal


Neuartige Lösung zur Unterscheidung von 5-Methylcytosin (5mC) und 5-Hydroxymethylcytosin (5hmC) ermöglicht beispiellose Einblicke in aktuelle und zukünftige Krankheitszustände mit einer 5 ng-DNA-Probe


biomodal, ein auf Omics basierendes Technologie- und Analyseunternehmen für Biowissenschaften, gab heute bekannt, dass es mit der Einführung der Duet-Multiomics-Lösung evoC (duet evoC) seinen Kunden das 6-Basen-Genom zugänglich macht. Die kombinatorische genetische und epigenetische Technologie liefert Sequenzierdaten mit einer Auflösung von einer einzigen Base, die die Standard-Sequenzierung mit vier Basen (A, G, C und T) aufdeckt und zwischen 5-Methylcytosin (5mC) und 5-Hydroxymethylcytosin (5hmC) auf demselben DNA-Molekül unterscheidet. Diese zusätzliche Auflösung ermöglicht eine größere Leistungsfähigkeit bei der Erkennung von Krankheitsassoziationen, der Identifizierung neuartiger Biomarker, der Entwicklung von Kriterien zur Krankheitsklassifikation und der Beobachtung des Krankheitsverlaufs, selbst bei begrenzten Proben wie zellfreier DNA (cfDNA).


Die erweiterten 6-Basen-Genomdaten ermöglichen die Erforschung epigenetischer Mechanismen der Genregulation durch Methylierung und Hydroxymethylierung. Forscher sind jetzt in der Lage, eine genaue Messung von 5mC und 5hmC zu erhalten, die in den lokalen genetischen Kontext integriert ist, mit >95 % der Basen über Q30 und 50 % mit Genauigkeit über Q40. Durch die Messung mehrerer biologischer Modi aus einer einzigen DNA-Probe mit geringem Input in einem einzigen Experiment können Forscher die umfassenden Daten nutzen, um Vorhersagemodelle der Genexpression, der Chromatin-Zugänglichkeit und des Enhancer-Status zu erstellen, um die biologischen Mechanismen besser zu verstehen, die den Genotyp mit dem Phänotyp verbinden.


biomodal hat außerdem das weltweit erste öffentlich zugängliche 6-Basen-Genom in der GEO-Datenbank hinterlegt und diese Daten, die aus embryonalen Stammzellen der Maus gewonnen wurden, genutzt, um Modelle zu erstellen, die das Potenzial zur Vorhersage der Ergebnisse von Standard- und naszierenden RNA-seq- sowie ATAC-seq-Experimenten zeigen. Gegenwärtig sind mehrere Proben, unterschiedliche Arbeitsabläufe und zahlreiche Datensätze erforderlich, um diese multimodalen Informationen zu erhalten, was häufig zu unbeantworteten Fragen und Fehlern führt. Die integrierte Daten- und Analysesoftware von duet evoC ermöglicht einen optimierten Arbeitsablauf von der Probe bis zu den auswertbaren Daten mit integrierter Fehlerunterdrückung, was die Interpretation vereinfacht und Antworten ermöglicht.


„Die Bereitstellung des 6-Basen-Genoms mit der Markteinführung von duet evoC ist eine revolutionäre Entwicklung für Forscher in den Bereichen Onkologie, Neurologie, Alterungsprozess und funktionelle Genomik. duet evoC unterstützt unsere Zielsetzung, Wissenschaftlern dabei zu helfen, neue Daten und Erkenntnisse zu gewinnen, die Lösungen für die Früherkennung, Behandlung und Überwachung von Krankheiten entwickeln werden“, sagte Peter Fromen, Chief Executive Officer bei biomodal.


Dr. med. Alex Bick (M.D., Ph.D), Assistenzprofessor für Medizin, Abteilung für genetische Medizin am Vanderbilt University Medical Center, demonstriert den Nutzen von duet evoC für die Untersuchung von Mutationen in der Krebsvorstufe: „Die Erschließung neuer Möglichkeiten ist für ein besseres Verständnis des Genoms von entscheidender Bedeutung, da die von uns untersuchten präkanzerösen Mutationen in Genen auftreten, die die Methylierung und Hydroxymethylierung beeinflussen. Wenn wir in der Lage sind, sowohl die genetische Varianz in der Keimbahn als auch die Methylierung gleichzeitig abzulesen, können wir besser verstehen, wo die Methylierung stattfindet, was uns eine bessere Vorstellung davon vermittelt, wie diese vererbten genetischen Varianten die Krebsvorstufen beeinflussen können. Die Informationen, die man erhält, lassen sich nicht mit mehreren Assays rekapitulieren, was diese Technologie für unsere Forschung unglaublich wertvoll macht.“


Im Rahmen der Advances in Genome Biology and Technology (AGBT-Konferenz) wird biomodal bahnbrechende Daten präsentieren, die die Wirksamkeit des 6-Basen-Genoms für das Verständnis der Tumorbiologie aus Flüssigbiopsien belegen. Mit duet evoC war das Unternehmen in der Lage, in Enhancer-Regionen, die in der Literatur mit Krebs in Verbindung gebracht werden, zwischen Darmkrebs im Stadium I und gesunden Kontrollpersonen zu unterscheiden.


Professor Samuel Aparicio, (BM, BCh, Ph.D., FRCPath, FRSC), angesehener Wissenschaftler an der University of British Columbia und Leiter der molekularen Onkologieforschung am British Columbia Cancer Research Centre in Vancouver, Kanada, sagte: „Der Zugang zum 6-Basen-Genom und die Verknüpfung von Methylierung und Hydroxymethylierung mit spezifischen Varianten in unserer Brustkrebsarbeit könnte die Sensitivität für den Nachweis von ctDNA in der Flüssigbiopsie erhöhen und eine frühere Erkennung ermöglichen. Wir sehen auch ein vielversprechendes Potenzial darin, dass diese Methylierungsmarkierungen die Genexpression, die Zugänglichkeit des Chromatins und die Genregulation bestimmen können, und freuen uns darauf, dieses Konzept mit dem Team von biomodal zu erforschen.“


Die Duet-Multiomics-Solution evoC kann ab sofort bei biomodal bestellt werden, indem Sie Kontakt aufnehmen unter https://biomodal.com/contact/


Über biomodal


biomodal ist ein auf Omics basierendes Technologie- und Analyseunternehmen für Biowissenschaften. Die Produkte des Unternehmens fokussieren sich auf die Dynamik unserer sich ständig verändernden Biologie. Seine Multiomics-Lösung ermöglicht es, mehr epigenetische Informationen aus einer einzigen DNA-Probe mit geringem Input zu gewinnen, ohne komplexe, ressourcenintensive Bioinformatik oder aggressive chemische Behandlung. Die gelöste Sequenziermethode des Unternehmens erfolgt durch die Auflösung von einer einzigen Base und erschließt die kombinatorische Kraft genetischer und epigenetischer Informationen in einem einzigen Arbeitsablauf und ermöglicht so tiefere biologische Erkenntnisse in den Bereichen Krebs, neurodegenerative Erkrankungen und Alterung.


Weitere Informationen unter www.biomodal.com oder folgen Sie dem Unternehmen auf LinkedIn linkedin.com/company/biomodal


Ausführliche Informationen über die Methodik finden Sie unter: Simultaneous sequencing of genetic and epigenetic bases in DNA | Nature Biotechnology (Gleichzeitige Sequenzierung von genetischen und epigenetischen Basen in der DNA | Nature Biotechnology)


Die Ausgangssprache, in der der Originaltext veröffentlicht wird, ist die offizielle und autorisierte Version. Übersetzungen werden zur besseren Verständigung mitgeliefert. Nur die Sprachversion, die im Original veröffentlicht wurde, ist rechtsgültig. Gleichen Sie deshalb Übersetzungen mit der originalen Sprachversion der Veröffentlichung ab.


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